Puede que últimamente se estén usando estos dos términos indistintamente para referirse a una misma cosa. Pero no son sinónimos ni mucho menos. Menos mal que aquí viene la FSF para echar un poco de luz sobre el asunto.

El término free software fue acuñado en un principio por la Free Software Foundation para referirse al software compatible con la licencia del proyecto GNU: la GPL.
Por otra parte está el término open source, que se refiere a un tipo de software del cual está disponible el código fuente. Pero eso no significa que sea software libre. Por eso hay que elegir con cuidado los términos para poder hablar con fundamento.

Ahí van un par de enlaces para ilustrarnos algo sobre el tema:
What is free software?
Nosotros hablamos de software libre

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